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AssayZap 丨 实验分析计算器软件培训
 
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      增加互动环节, 保障培训效果,坚持小班授课,每个班级的人数限3到5人,超过限定人数,安排到下一期进行学习。
   授课地点及时间
上课地点:【上海】:同济大学(沪西)/新城金郡商务楼(11号线白银路站) 【深圳分部】:电影大厦(地铁一号线大剧院站)/深圳大学成教院 【北京分部】:北京中山学院/福鑫大楼 【南京分部】:金港大厦(和燕路) 【武汉分部】:佳源大厦(高新二路) 【成都分部】:领馆区1号(中和大道) 【广州分部】:广粮大厦 【西安分部】:协同大厦 【沈阳分部】:沈阳理工大学/六宅臻品 【郑州分部】:郑州大学/锦华大厦 【石家庄分部】:河北科技大学/瑞景大厦
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        ☆注重质量 ☆边讲边练

        ☆若学员成绩达到合格及以上水平,将获得免费推荐工作的机会
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   质量以及保障

      ☆ 1、如有部分内容理解不透或消化不好,可免费在以后培训班中重听;
      ☆ 2、在课程结束之后,授课老师会留给学员手机和E-mail,免费提供半年的课程技术支持,以便保证培训后的继续消化;
      ☆3、合格的学员可享受免费推荐就业机会。
      ☆4、合格学员免费颁发相关工程师等资格证书,提升您的职业资质。

课程大纲
 
  • Q-Chem是由遍及全球的多个研究机构共同开发的从头计算量子化学软件包,涉及的研究机构有35家,分布在美国、英国、德国、澳大利亚、中国和中国台湾地区等国家和地区。开始是由诺贝尔化学获得者John.A.Pople主导开发的。从1999年第一版本Q-Chem1.2发布至今,Q-Chem软件已经开发了15年,成为一个功能十分强大的量子化学计算程序。目前新的版本是Q-Chem5.2。
  • Q-Chem软件是一款功能齐全的高精度量子化学计算专业工具,全面支持HF/DFT以及各种post-HF计算方法,在理论化学、材料化学、生物化学等相关领域的研究和生产中发挥了极大作用。可以研究分子能量和结构、化学反应、分子振动、红外以及拉曼光谱、NMR谱等,还可以实现对生物大分子的QM/MM计算。
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  • Q-Chem的特点:
  • 无需购买额外的可视化软件。IQmol是Q-Chem的配套可视化软件,可以免费领取。Q-Chem也支持第三方可视化软件,如Avogadro、WebMO、Jmol等。
  • 无需购买额外的并行许可即可进行跨节点并行计算。程序的代码经过专门的优化,保证更快的计算速度。
  • 支持多种方法分析势能面。如冻结带方法、从头算分子动力学、路径积分蒙特卡洛方法及偏Hessian分析。
  • 可进行能量组成分析。如可以把能量分解成库伦项、交换项、极化项及电荷转移项。
  • 可研究电子转移耦合及激发能。支持的方法有限制性DFT、直接耦合及分子片段电荷。
  • 拥有独特的基态泛函。如色散校正泛函XDM、DF-04、XYGJ-OS、WB97X-2等。
  • 快速和更加精确的MP2方法。如SOS-MP2、双基组MP2及局域MP2方法。
  • 支持激发态研究(包括开壳层分子)。如SOS-CIS(D)、TDDFT、ADC等。
  • Q-Chem 提供优秀的个人技术支持服务,并会依据客户的要求开发所需的功能。
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  • Q-Chem 5.2的新功能:
  • 默认设置的更改
  • 默认情况下使用OpenMP共享内存并行,为基于MPI的分布时内存并行性添加-mpi参数。
  • 默认情况下使用纯基函数,BASIS=GEN。
  • 溶剂模型中Lebedev网格中的默认网格点数从302变为194点(非氢)和110点(氢)原子。
  • 对SMx型号使用SWIG费用。
  • XPol,SAPT和XSAPI以及MBE作业的输入格式已更改。
  • 使用EDA2作为ALMO-EDA的默认驱动程序。
  • 在RAS-CI计算中,默认不再应用冻结核心近似。
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  • 新功能和方法
  • 一般改进:
  • 提高基组的可用性:支持大多数SCF,RI-MP2,CC/EOM-CC/ADC计算的高角动量基函数(高达k函数)。
  • 用于RI-SCF计算的简化输入格式。
  • 为SCF和SCF后计算添加了密度拟合(RI)基组的def2-族(由Florian Weigend博士提供)。
  • 用于SCF原子密度叠加的即时生成(Kevin Fenk,John Herbert)。
  • 重新引入传统的ECP而不适合。
  • 使用DFT计算部分赫斯的性能改进。
  • 容易指定片段基础,从外部文件读取基础集。
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  • DFT功能的改进:
  • 支持使用meta-GGA密度函数进行分析频率计算。
  • 支持使用分辨率(密度拟合)库仑计算分析频率。
  • 使用DFT改进部分粗体计算的性能。
  • 新密度函数:revM06,revM11(Pierpaolo Morgante和Roberto Peverati)。
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  • 隐式溶剂化模型的改进:
  • 修改了PCM曲面细分网格以提高性能(John Herbert)
  • 在SMD中将默认曲面细分方法更改为SWIG,以确保平滑的势能面(Yuezhi Mao)
  • 使用SMx溶剂化模型改进了一般SCF程序的性能(Yuezhi Mao)
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  • MP2代码的改进:
  • 规范kappa-OOMP2方法(Joonho Lee和Martin Head-Gordon)
  • 解决了RO-RIMP2中非布里渊单—贡献计算错误的问题
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  • 耦合集群代码的改进:
  • 混合精度CC和EOM-CC功能套件,可达2倍速(Pavel Pokhilho,Anna Krylov,Ilya Kaliman)
  • 阻尼相应,使用EOM-CC(Kaushilk Nanada和Anna Krylov)进行双电子吸收的动态极化率
  • 改进了EOM-CC状态下自旋轨道耦合常数的评估(Pavel Pokjilko和Anna Krylov)
  • 在ADC和CC方法中更好的处理线性点组
  • 改进了基于磁盘的ADC/CC算法的性能
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  • 能量分解分析方法的改进:
  • 切换到EDA2作为ALMO-EDA计算的默认驱动程序
  • 增加电子密度差(EDD)图和ETS-NOCV分析(Yuezhi Mao)
  • 在ALMO-EDA(Yuezhi Mao)中增加了对PCM和SMD溶剂化模型的支持。
  • 解决了导致MP2-EDA计算不稳定的几个问题(Yuezhi Mao)
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  • 新方法和能力:
  • 极化嵌入模型(Maximilian Scheurer)
  • 增量FCI方法(Paul Zimmerman)
  • 核心价激发的跃迁潜在DFT
  • 拉曼强度的分析评价
  • NEO-RHF方法的试点实施(Fabijan Pavosevic和Sharon Hammes-Schiffer)
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  • BrianQC GPU模块的新功能:
  • GPU加速了单电子积分
  • GPU加速DFT交换相关,支持LDA,GGA和meta-GGA功能
  • 使用NVIDIA的图灵架构支持新的GPU
  • 优化的内存消耗
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  • 其他修复和改进:
  • 解决了在RI-CD-CC计算中评估和打印Dyson轨道的问题
  • 解决了绘制EOM附件/分离密度的问题
  • 解决了在开放式shell EOM-EE计算中读取用户输入的问题
  • 解决了在SF-TD-DFT计算利用共享内存并行性的问题
  • 解决了阻止双基DFT计算利用共享内存并行性的问题
  • 解决了使用RO-SCF进行几何优化的问题,该问题导致SCF在后续几何优化步骤中不收敛(Yuezhi-Mao)
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  • Q-Chem 应用领域:
  • 势能面扫描
  • Q-Chem 能够高度精确的给出分子在不同构型下的能量,帮助我们找到分子局部的能量极小值以获得稳定的分子结构。还可以根据分子的构象进行势能面扫描。
  • 下图给出了采用Q-Chem计算的di-Peptoid在不同构象下的能量变化。研究者可以通过拟合分子能量和构象的关系构建势能面或分子力场。
  • 分子间相互作用
  • Q-Chem采用Hartree-Fork,基于各种泛函的DFT方法和高精度的电子相关方法,多体微扰的MPn与Coupled-cluster理论来计算分子间的相互作用,并可以非常便捷的进行BSSE矫正。此外,Q-Chem还可以基于ALMO方法将分子之间的相互作用能进行分解。
  • Unravelling the Origin of Intermolecular Interactions Using Absolutely Localized Molecular Orbitals.J.Phys. Chem. A. (2007), 111, 8753
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  • 过渡态搜索和反应路径分析
  • Q-Chem 是业界公认的研究化学反应的有力工具。Q-Chem支持多种过渡态搜索的方法,并可进一步对反应路径进行分析和优化。得益于Q-Chem软件的高效率,研究者可以快速方便的研究各种化学反应相关问题。
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  • Oxidative Dehydrogenation of Propane over a VO2-Exchanged MCM-22 Zeolite: A DFT Study. ChemPhysChem (2010) , 11, 3432
  • 激发态和光谱计算
  • 除了研究基态的化学性质外, Q-Chem还支持激发态结构的能量计算和优化,新版本的Q-Chem还加入了M11等新的泛函并支持EOM-CCSD方法。Q-Chem可以计算各种光谱性质,包括:IR、Raman、紫外-可见、VCD、ECD等。下面的图片就是采用Q-Chem计算的DNA氘化碱基对的红外谱。
  • Infrared Characterization of the Guanine Radical Cation: Finger Printing DNA Damage. J. Phys. Chem . B. (2010),114,3660.
  • 线性标度的量化计算
  • Q-Chem支持多种线性标度的量子化学反应,包括:傅立叶变换库伦方法,线性标度HF交换方法,基于格点的线性标度积分等。在下图所示的工作中,研究者采用Q-Chem软件中线性标度的GIAO-HF方法完成了含有1000多个原子体系的NMR化学计算。
  • Ab Initio NMR Spectra for Molecular Systems with a Thousand and More Atoms: A Linear-Scaling Method. Angew. Int. (2004), 43, 4485.
  • QM/MM计算
  • Q-Chem支持ONIOM计算并自带了与分子动力学模拟软件CHARMM的程序接口。可以非常方便的进行QM/MM计算。
  • 下图所示的研究工作采用Q-Chem和CHARMM软件考察了钙和镁离子在蛋白磷酸化酶中的作用机理。
  • Calcium inhibition of Ribonuclease H1 Two-Metal Ion Catalysis. J. Am. Chem. Soc. ASAP.
 
 
  备案号:备案号:沪ICP备08026168号-1 .(2014年7月11)...................
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