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USEARCH | 序列分析软件培训 |
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班级人数--热线:4008699035 手机:15921673576( 微信同号) |
增加互动环节,
保障培训效果,坚持小班授课,每个班级的人数限3到5人,超过限定人数,安排到下一期进行学习。 |
授课地点及时间 |
上课地点:【上海】:同济大学(沪西)/新城金郡商务楼(11号线白银路站) 【深圳分部】:电影大厦(地铁一号线大剧院站)/深圳大学成教院 【北京分部】:北京中山学院/福鑫大楼 【南京分部】:金港大厦(和燕路) 【武汉分部】:佳源大厦(高新二路) 【成都分部】:领馆区1号(中和大道) 【广州分部】:广粮大厦 【西安分部】:协同大厦 【沈阳分部】:沈阳理工大学/六宅臻品 【郑州分部】:郑州大学/锦华大厦 【石家庄分部】:河北科技大学/瑞景大厦
开班时间(连续班/晚班/周末班):请点击此处咨询在线客服 |
课时 |
◆资深工程师授课
☆注重质量
☆边讲边练
☆若学员成绩达到合格及以上水平,将获得免费推荐工作的机会
★查看实验设备详情,请点击此处★ |
质量以及保障 |
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1、如有部分内容理解不透或消化不好,可免费在以后培训班中重听;
☆ 2、在课程结束之后,授课老师会留给学员手机和E-mail,免费提供半年的课程技术支持,以便保证培训后的继续消化;
☆3、合格的学员可享受免费推荐就业机会。
☆4、合格学员免费颁发相关工程师等资格证书,提升您的职业资质。 |
☆课程大纲☆ |
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- Geneious是一款综合、跨平台的生物信息学软件,包括操作、发现、共享和探索生物数据,例如DNA序列或蛋白质,系统进化,三维结构信息,出版文献等。它的功能包括序列对比和系统学分析,毗连群,引物设计和克隆和限制性分析,使用NCBI和EMBL,BLAST,蛋白质结构查看,自动化医学搜索等。它甚至包含了一个API,您可以创建您的个人生物信息插件。
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- Geneious主要功能:
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- 1. NGS分析和基因组学
- 使用行业领先的算法,包括TopHat和Velvet,Illumina、PacBio或Torrent读数(任何长度、成对端、条形码)的从头组装或参考映射。对数据的综合分析,包括基因组浏览器、持续的可视化、SNP调用和RNA-Seq表达式。
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- 2. 序列图和色谱分析
- 修剪、组装和查看Sanger排序跟踪文件,正确的碱基调用并创建一致的序列。基因预测、模式、翻译和变异调用的自动标注。基因型微卫星跟踪自动梯拟合和峰值调用和生成等位基因表。
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- 3. 对齐和树构建
- 使用包括MAFFT和ClustalW在内的可信算法对DNA或蛋白质进行成对和多种比对。查看和编辑实时翻译和突出显示。使用包括RAxML和PAUP在内的同行评审算法构建系统树,并为公开准备的图形调整显示设置。
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- 4. 分子克隆
- 查看质粒图,自动注释矢量并用注释复制粘贴序列。寻找限制站点、消化、连接和执行Golden Gate,Gibson和Gateway克隆。设计引物,找到CRISPR站点并优化密码。在克隆过程中跟踪历史和亲子后代谱系。
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- 5. 搜索、共享和自动化
- 针对NCBI进行批量BLAST,并直接搜索GenBank。使用无缝集成的共享库集中和协作数据。导入和导出大多数行业标准文件格式。建立自动化的工作流程,以提高效率,控制业务流程,并减少您的研究中的人为错误。
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- 6. SnapGene文件导入
- 将SnapGene*.gna序列文件拖放到Geneious中,无缝地导入序列及其注释和其他元数据。
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- 7. CRISPR-CPF1特异性评分
- 自信地选择理想的CRISPR-CPF1引导RNA位点使用新的特异性评分,这是根据对您选择的数据库的非目标分析计算出来的。
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- 8. 智能NGS导入
- 只需一个简单的步骤就可以将任何类型的SAM、GFF、BED和VCF文件拖放到Geneious中,即使您有不同的样品和参考序列的混合物。
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- 9. CRISPR Cpf1选项
- 添加了CRISPR-CPF1与5' PAM位点的支持。在A和T丰富序列中找到位点,并在体内具有更高的裂解效率。
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- 10. RNA-Seq表达分析的火山图
- 在交互式火山图中可视化基因表达,可以用来突出和跳转到差异表达基因。
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- 11. 限制性位点无表型突变分析
- 自动识别在不影响蛋白质的情况下引入限制位点的编码序列中的点突变。
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- 12. 漂亮的PCA图
- 具有更好的标签和新的可视化选项,创建漂亮的PCA图形。
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- 13. 创建酶制剂
- 不再从其他来源获取信息。现在您可以很容易地创建您自己的酶组。
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- 14. 更好的FASTQ导入功能
- 在导入过程中,成对读取可以相互关联,而Geneious会猜出它们是如何配对的。还可以设置读取技术。
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- 15. 为细菌基因组比对更新Mauve插件
- 现在包括对序列列表的支持和用于重新排序重叠群的MCM操作,使draft基因组对齐和进行基因组整理成为可能。
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- 16. 更好的BLAST服务器管理
- 一次设置多个BLAST服务器镜像,每次搜索时,选择优秀的一个。不用每次切换镜像。
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- 17. NCBI BLAST云支持
- 有了NCBI BLAST云之后,设置您自己的BLAST镜像变得更为简单。如果您以这种方式创建一个镜像,Geneious可以与它连接起来。
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- 18. 按索引连接
- 连接序列列表并按索引对齐,而不是按照名称对齐,这对于合并不完全重叠的成对读取非常有用。
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- 19. 序列列表的CSV/TSV导出
- 将序列表中的所有序列连同它们的元数据一起导出到CSV/TSV中,这样您就可以将它们放在Excel中或类似的情况下进行进一步的分析。
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- What's New in Geneious Prime 2019?
- The Geneious Prime 2019 release is here. Geneious Prime 2019 is free if you have a valid subscription or a perpetual version Prime 2019 license. If you are currently using a previous version-only licence (eg R11), you will have to purchase an upgrade.
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- We have changed the way we refer to the new versions of Geneious with this release being called Geneious Prime 2019 instead of Geneious R12. This will make it easier for you to know that you are on the latest version. Please visit Geneious Prime for further details of the recent name change.
- Have an older version of Geneious Prime? The software that you know and love gets better every year. Upgrade now and you can enjoy Geneious Prime 2019 as well as all the features included in previous releases.
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- Geneious Prime 2019 Festures and Benefits:
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- Custom Codon Usage Tables
- Back translate and optimize codons using your own codon usage tables. Import standard formats from public databases or external codon analysis tools.
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- Rapid Manual Primer Design
- Select desired binding site in the Sequence View to see real-time display of length and melting point (Tm)then easily add a primer annotation with a convenient new button.
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- Powerful Primer Annotation Display
- 5' extensions (tails) on annotated primers are now displayed inside the sequence view to indicate the length of the extension, the nucleotides it contains and what functional elements are present such as restriction sites, spacers and tags.
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- Simplified Testing and Annotation of Existing Primers
- Easily search all folders for primers that match a sequence of interest with the redesigned "Test with Saved Primers" operation. Copy and paste primers from other programs into the new "Add Primers" operation to find them on your target sequence in one step.
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- Drag and Drop Sequence Export
- Export annotated sequences in GenBank format by simply dragging documents out of Geneious Prime and onto the desktop or into another program.
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- Easy Extraction of PCR and Restriction Digest Products
- Shift click between two compatible primers or restriction enzymes for quick and easy extraction of their product from your sequence.
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- Improved Protein Statistics
- Calculate on the fly statistics for protein sequences directly on nucleotide sequences within the Statistics panel, with new protein statistics added including charge at pH 7 and amino acid group counts.
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- Improved GenBank Export
- Export the information you need with your sequences using the simplified, flexible options to include your own Meta-Data fields and allow or constrain export parameters to suit downstream applications.
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- Publish Plugins via Internal Network
- Create a curated list of plugins to offer privately to members of your organization via your internal network.
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- Usability Tweaks to Increase Efficiency
- Enjoy an improved table of primers, drag and drop backbone selection for cloning, easier workflow management, better defaults, a less cluttered Sequence View and many other little tweaks and improvements.
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